河南中医药大学是全国中医药类大学中较早开设马克思主义理论类硕士研究生教育的大学。2006年3月，成功申报了思想政治教育专业硕士点，当时为全国中医院校唯一一个思想政治教育硕士点，设有道德研究、思想政治教育理论和管理研究、思想政治教育理论与实践研究三个方向，授法学硕士学位。

2013年马克思主义基本原理、马克思主义中国化两个硕士点开始招生。学院师资力量雄厚，现有硕士生导师13人（校外3人），在校硕士研究生近30人。

马克思主义理论一级学科硕士学位授权点下设：马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育、中国近现代史基本问题研究等四个个二级学科硕士点。思想政治教育学科为河南省第八批重点学科。马克思主义理论学科为河南省第九批重点学科校级培育学科，中医哲学为校级重点学科。